Ke konci 16. století sem přišli Turci, jenž pak přeměnili Parthenón na mešitu. Až do 17. století chrám zůstal relativně bez úhony, ale v roce 1687 Akropolis zničili Benátčané, kdy jedna z koulí zasáhla také Parthenón, používaný Turky jako skladovací prostor pro střelný prach. Chrám explodoval, a proto je vlastně až do dnešních časů bez střechy.